در راستای فعالیتهای شیلاتی منطقه با هدف بهره برداری بهینه از منابع آبی در سال 1368 در سواحل استان سیستان و بلوچستان تأسیس و فعالیت خود را رسماً از ابتدای سال 69 آغاز نموده است. این مـرکز بـا دارا بـودن ساختمان اداری با مساحت 2000 متر مربع متر زیربنا و دارای سه بخش تحقیقاتی مختلف شامل: بخش بیو لوژی و ارزیابی ذخایر، بخش اکولوژی و بخش آبزی پروری می باشد. علاوه بر بخشهای فوق واحد اطلاعات علمی و واحدهای اداری و مالی نیز بر حسب نیاز بخشهای مختلف مرکز را پشتیبانی می نمایند.  فعالیت های پژوهشی این مرکز بر چند محور اساسی متمرکز است که در چهار چوب اهداف تعیین شده در قالب پروژه های تحقیقاتی کاربردی شیلاتی به اجرا در می آید.

اولویت های اصلی فعالیت مرکز

تون ماهیان 

•         الگوی سازی ابزار صید جدید به منظور افزایش تو لید و بهره وری صید.

•          بهینه سازی و استاندارد نمودن روشهای صید تون ماهیان.

•          تحقیق و مطالعه در خصوص بیولوژی، پراکنش و پویایی شناسی جمعیت تون ماهیان در دریای عمان.

•         پرورش و پروار بندی تون ماهیان در محیط های قفس در دریای عمان.

شاه میگو

•         تحقیق و بررسی ویژه گیهای بیولوژیک و اکولوژیک شاه میگوی خاردار صخره ای در دریای عمان.

•         تعیین ممنوعیت مکانی و زمانی صید و تخمین میزان سطح برداشت پایدار شاه میگوی خاردار صخره ای در دریای عمان.

•         پرورش و بازسازی ذخائر شاه میگوی خاردار صخره ای در دریای عمان.

جلبک

•         تحقیق در زمینه پراکنش، بیولوژی و تکثیر و پرورش تجاری جلبکهای دریایی در محیط های طبیعی و مصنوعی.

•          تحقیق در زمینه تولید محصولات با ارزش افزوده بیولوژیک از جلبکهای دریایی در محیط های طبیعی و پرورشی.

ذخائر کمتر برداشت شده یا غیر ماکول

•         بررسی بیولوژی، پراکنش،ارزیابی ذخائر  و امکان سنجی صید اسکوئید، ماهی مرکب و خیار دریایی

وظایف و اهداف  کلی مرکز:

•         تحقیق در زمینه شناسایی انواع گونه های آبزی اعم از ماهیان، نرمتنان و سخت پوستان در دریای عمان.

•         تحقق در زمینه بیولوژی تولید مثل، رشد، تغذیه و چرخه های زیستی گونه های آبزی اقتصادی منطقه از جمله تون ماهیان و شاه میگو.

•          اعلام ممنوعیت صید مکانی و زمانی  آبزیان مهم اقتصادی (اهداف برداشت پایدار و مسولانه).

•          الگوی سازی ابزار صید جدید و بهینه سازی(استاندارد سازی) ابزارهای صید موجود جهت برداشت آبزیان مهم اقتصادی (اهداف برداشت پایدار).

•         تعیین پراکنش زمانی و مکانی آبزیان مهم اقتصادی با هدف افزایش کارایی صید.

•         محاسبه و تخمین حداکثر سطح تلاش صیادی پایدار (Fmsy)  و حداکثر سطح برداشت پایدار(MSY) گونه های  مهم آبزی (اهداف برداشت پایدار و مسولانه).

•          تحقیق در خصوص امکان سنجی احداث زیستگاه مصنوعی آبزیان مهم اقتصادی جهت بازسازی ذخائر.

•         بررسی بیولوژی، پراکنش و امکان سنجی صید ماهیان غیر ماکول از قبیل اسکوئید و ماهی مرکب.

•         تحقیق در زمینه کمی و کیفی اکوسیستم های آبی از نظر فاکتورهای فیزیکی و شیمیایی و آلایندها آب، طبق روشهای استاندارد موجود

•          تحقیق در زمینه شناسایی و پراکنش جغرافیایی گونه های مهم پلانکتونی ، بنتوز ، نکتونها و تعیین تغییرات کمی و کیفی آنها (شکوفایی پلانکتونی).

•         بررسی اثرات زیست محیطی پساب های حاصل از سایت های تکثیر و پرورش میگو استان سیستان و بلوچستان.

•         بررسی و انتخاب گونه های آبزیان مهم اقتصادی در منطقه و دست یابی به زی فن (بیوتکنیک) تکثیر و پرورش آنها در محیطهای آبی مناسب.

•         توسعه همکاریهای  تحقیقاتی  با کشور های حاشیه  اقیانوس  هند  به  منظور افزایش امکان بهره برداری از منابع آبزیان اقیانوس هند و دریای عمان.